La regulación y control de  la cadena de producción de la leche y sus derivados se encuentra normada por el Acuerdo Interministerial 2013 – 001, el cual busca asegurar la calidad e inocuidad en los procesos de producción, manipulación, elaboración y comercialización de leche y sus derivados, para garantizar el acceso a los mercados y la salud de los consumidores, delimitando las competencias de las instituciones para regular y controlar la cadena de producción de leche y sus derivados, con el fin de proteger la salud y la seguridad de la ciudadanía. Esta normativa es ejecutada por la Agencia Ecuatoriana de Aseguramiento de la Calidad del Agro (Agrocalidad).

En este mismo Acuerdo Ministerial en el artículo 38 se “prohíbe la comercialización directa de leche cruda o leche cruda enfriada, quesos frescos, yogurt y otros elaborados para consumo humano, excepto aquellos productos que por requerimiento implícito en su elaboración lo requieren, para lo cual se deberá tomar las medidas necesarias que garanticen la inocuidad del producto final.”

La Agencia Nacional de Regulación, Control y Vigilancia Sanitaria (ARCSA) dentro de sus competencias emite registros sanitarios a los productos lácteos y permisos de funcionamiento a las industrias procesadoras de leche y sus derivados lácteos desde la recepción de la materia prima en la planta, la industrialización, el transporte y la comercialización.